Nach der erfolgreichen Inbetriebnahme des Lötschberg-Basistunnels werden die Strukturen und Eigentumsverhältnisse im Infrastrukturbereich der BLS AG bereinigt. Die Bahninfrastruktur einschliesslich Neat-Basisstrecke wird auf Anfang 2009 in eine neue BLS Netz AG ausgegliedert. BLS AG und BLS Netz AG werden einheitlich, also «aus einer Hand», geführt. Mit der Umwandlung von Darlehen in Aktienkapital der künftigen BLS Netz AG sichern sich Bund und Kanton Bern ihre eigentumsrechtlichen Ansprüche. Der Bundesrat hat am 21. Dezember 2007 die Konzession der BLS AG bis Ende 2020 verlängert und diesen Entscheid an die Bedingung geknüpft, die Infrastruktur an eine separate Gesellschaft zu übertragen.
Die BLS AG spielt in der schweizerischen Bahnlandschaft eine wichtige Rolle und wird diese auch weiterhin spielen können. Im vergangenen Jahr wurden mehrere Entscheide getroffen, welche die Zukunft der BLS sichern. So hat der Bundesrat im Dezember 2007 den Abschlussbericht des Konzeptprojektes «SBB + x KTU» genehmigt. Mit rund 2600 Mitarbeitenden und einem Umsatz von rund 750 Mio Fr. ist die BLS AG gemäss diesem Modell die klare Nummer zwei im Schweizer Bahnverkehr.
Die BLS AG bleibt jedoch ein integriert geführtes Bahnunternehmen. Der Bundesrat hat der Verlängerung der Konzession der BLS AG für den Betrieb der nationalen und regionalen Bahninfrastruktur bis ins Jahr 2020 zugestimmt und legte damit fest, dass nach den aufwendigen Betriebsvorbereitungen und der erfolgreichen Inbetriebnahme der Neat-Basisstrecke die Verantwortung für Betrieb und Unterhalt beim Unternehmen verbleibt. Der Bundesrat verknüpfte damit einerseits die Bedingung, die gesamte Bahninfrastruktur der BLS AG auf Anfang 2009 mit jener der BLS AlpTransit AG zusammenzufassen und in eine Gesellschaft mit Mehrheitsbeteiligung des Bundes, die BLS Netz AG, zu übertragen. Anderseits hielt er fest, dass auch die BLS Netz AG einheitlich von der BLS AG geführt werden soll. Die bewährte Einheit von Infrastruktur und Betrieb, von Rad und Schiene, wird somit weitergeführt. Es gibt keine Auswirkungen auf den Personen- und den Güterverkehr. Die bisherigen Synergien einer integriert geführten Bahn werden weiterhin genutzt .